Durante la gestión de María Elena Álvarez-Buylla al frente del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt), hoy Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías (Conahcyt), se registraron presuntos malos manejos por más de 410 millones de pesos, según datos oficiales de la Auditoría Superior de la Federación (ASF).
Los informes de la ASF, correspondientes a las cuentas públicas de 2019 a 2023, señalan 27 casos distintos de posible malversación de recursos que habrían generado un daño al erario por el monto mencionado. Este escenario es inédito para el organismo, ya que en las dos décadas anteriores (2000-2018) solo se habían identificado 40 millones de pesos no aclarados, diez veces menos que en el periodo de Álvarez-Buylla.

En Milenio el periodista Arturo Ángel informó que el año 2021 fue señalado como el más problemático, con 12 hechos distintos de manejo irregular del presupuesto y un posible desvío o desaparición de más de 220 millones de pesos. Ante estas observaciones, la ASF ya interpuso una primera denuncia ante la Fiscalía General de la República (FGR) por presuntos desvíos detectados en ese ejercicio fiscal, aunque las investigaciones continúan por el resto de los casos.
De acuerdo con los informes, las irregularidades detectadas incluyen pagos indebidos, sobreprecios, servicios inexistentes y transferencias no justificadas. Las auditorías de tipo forense practicadas desde 2019 revelaron que el uso de recursos en Conacyt presentaba múltiples anomalías, como la contratación de servicios con licitaciones poco competitivas y falta de documentación que acreditara el cumplimiento de los contratos.
Entre los pagos irregulares se identificaron transferencias a 137 investigadores sin convenio formal, 57 ayudantes inscritos en dos programas simultáneamente, pagos a beneficiarios de investigadores fallecidos, así como montos superiores a los límites permitidos para becas y estímulos. También se detectaron transferencias de ejercicios fiscales anteriores sin justificación normativa y pagos hechos con presupuestos de años diferentes.
La ASF fundamentó sus observaciones en incumplimientos a la Constitución, las leyes de presupuesto y responsabilidad hacendaria, contabilidad gubernamental, adquisiciones y servicio público, así como al reglamento del Sistema Nacional de Investigadores y los lineamientos internos del Conacyt.
En 2023, ya bajo la nueva denominación Conahcyt, la institución volvió a ser señalada por irregularidades. Dos auditorías practicadas ese año detectaron más de 70 millones de pesos en potenciales malversaciones, principalmente en el Programa de Becas Nacionales de Posgrado y Apoyos a la Calidad.
Las principales irregularidades en este programa se relacionan con pagos indebidos, falta de comprobación de recursos, deficiencias en la supervisión y padrones desactualizados de beneficiarios. Los auditores detectaron que varias contrataciones no siguieron los lineamientos de mercado ni documentaron adecuadamente la investigación de proveedores. También se halló ausencia de competencia real en licitaciones, falta de verificación de experiencia de los contratistas y documentación incompleta o inconsistente en los expedientes revisados.
El informe concluye que, pese a la detección de pagos indebidos, la entidad auditada no acreditó mecanismos para recuperar los recursos pagados en exceso ni sancionó a los responsables. De persistir las omisiones, la ASF podría presentar nuevas denuncias ante la FGR para determinar las responsabilidades penales y administrativas correspondientes.
Las cifras y observaciones presentadas por la ASF representan el mayor monto de irregularidades detectado en el Conacyt en las últimas dos décadas, marcando un precedente en materia de fiscalización de recursos públicos en el ámbito científico y académico del país.